#!/bin/bash
#PBS -N floor01M1052
#PBS -m bea
#PBS -M YOUREMAILID@griffithuni.edu.au
# specifies number of CPUs (ncpus) used in PBS
#PBS -l select=1:ncpus=18:mem=48g,walltime=300:00:00
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# setup variables for names
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jobnam=$PBS_JOBNAME
jobloc=/lscratch/s123456/$jobnam
inputfile="${jobnam}.in"
casefile=${jobnam%??}
casefile1="${casefile}.cas.gz"
resulttext="${jobnam}.txt"
resultcas="${jobnam}result.cas.gz"
resultdat="${jobnam}result.dat.gz"
runfile="${jobnam}.run"
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# Check if scratch dir exists and create if not
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jobloc=/lscratch/s123456/$jobnam
if [ ! -d "jobloc" ]; then
        mkdir $jobloc
fi
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# load modules
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module load ansys/v202
module load intel/intelmpi
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# copy case file and input file to scratch
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cp $PBS_O_WORKDIR/$inputfile $jobloc
cp $PBS_O_WORKDIR/$casefile1 $jobloc
echo copy to scratch complete
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# run fluent
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echo running fluent
cd $jobloc
fluent 3ddp -t16 -cflush -pinfiniband -mpi=intel -g -i $inputfile > $runfile
cd $PBS_O_WORKDIR
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# copy result files back to working directory
#######################################################
cp -r $jobloc/* $PBS_O_WORKDIR
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# list output
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echo $jobnam
echo $jobloc
echo $inputfile
echo $casefile
echo $resulttext
echo $resultcas
echo $resultdat
echo $runfile
echo job finished